מאפיין של סטנדרד הגרפיקה GIF, GIF89a שקוף (transparent) מאפשר לרקע להיות שקוף דרך חלקים נבחרים של התמונה. כאשר יוצרים GIF , המעצב יכול לציין צבע אחד באוסף הגוונים כשקוף. כאשר GIF מוצג, אזורים המשתמשים באותו הצבע חושפים את מה שיש מתחת. שקיפות לעתים קרובות חלה על צבע הרקע של ה GIF כדי לאפשר לרקע של העמוד להיראות, כך שהתמונות נראות כצפות על העמוד.

רוב הדפדפנים המודרניים תומכות ב transparent GIF (GIF שקוף). אלה שלא פשוט מציגות את התמונות כ GIF רגילים.