זהו וירוס הממקם את קוד האתחול שלו במגזר האתחול (boot sector) בדיסק. כאשר המחשב מנסה לקרוא ולבצע את התכנית שבמגזר האתחול, הוירוס נטען לזכרון הראשי, שממנו הוא יכול להשיג שליטה על פעולות המחשב הבסיסיות. מהזיכרון הראשי וירוס מגזר אתחול יכול להתפשט גם לכוננים אחרים (כונן דיסקטים, דיסקים קשיחים, כונני רשת וכו') שבמערכת ההפעלה. לאחר טעינת הוירוס לזכרון, הוא מבצע בדרך כלל את תוכנית האתחול הרגילה שאותה הוא מאחסן במקום אחר בדיסק.