FTP היא דרך נהדרת להעביר קבצים בעזרת אינטרנט. אבל לא כל הקבצים הם תואמי רשת. קבצי טקסט (כגון קבצים ב - ASCII) הם דוגמה טובה לכך. אם נשלח קובץ טקסט פשוט כזרם של מידע בינארי למחשב אחר, נקבל מידע מסולף כתוצאה. השאלה היא למה ? התשובה לכך היא כיוון שקבצי טקסט וקבצי ASCII אחרים לא מקודדים מידע על סוף שורה לנתונים שלהם, הם משתמשים בתו מיוחד. בגלל הסיבה הזאת, לקוחות FTP כמעט תמיד מקבלים את האופציה לשלוח את הקבצים כטקסט או כבינארי. במצב טקסט, המידע מפוענח כך שהוא מגיע בצורה קריאה.
אולם, פענוח קבצים ניתנים להרצה או קבצים מכווצים (ZIP) יכול לשבש את המידע. עבור קבצים אלה יש להשתמש במצב בינארי. לקוחות FTP רבים כוללים את המזהה האוטומתי (autodetect feature) שיכול להחליף את המצבים בתוכנות על סמך סיומת הקובץ.